Nel 2000-2001 in prestito dall'Inter, Ventola gioca la sua migliore stagione all'Atalanta, mettendo a segno 10 reti. Torna a Milano e trova Hector Cuper che a inizio stagione lo impiega spesso in coppia con Kallon per le assenze di Vieri e Ronaldo. "Nick" in quell'annata firmerà 10 gol tra campionato, coppa Italia e coppa Uefa. Col ritorno dei big in attacco, sarà costretto a cercare spazio altrove.
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