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Sneijder inizia la sua carriera da calciatore nel settore giovanile dell'Ajax debuttando il 22 dicembre 2002 nella vittoria per 2-0 sull'Excelsior. Dopo il secondo posto ottenuto nella stagione d'esordio 2002-2003, vince il titolo della Eredivisie nel 2003-2004 e termina il massimo campionato olandese ancora al secondo posto nel 2004-2005 e nel 2006-2007.

Aggiunge al titolo nazionale, due Coppe d'Olanda e tre Supercoppe d'Olanda.