Nella stagione 2011/2012 Handanovic si ripete su Edinson Cavani. A distanza di un anno, il Matador cede per la seconda volta dagli undici metri. Archiviata la sua permanenza in friuli, Handanovic si trasferisce nella Milano nerazzurra ed è subito protagonista in Europa League, dove neutralizza Natcho in Inter-Rubin Kazan.