Arrivato all'Inter nel gennaio del 2006 dopo un lungo corteggiamento, si richiesta espressa di Roberto Mancini, Cesar Aparecido Rodrigues non riuscì a replicare a Milano le prestazioni offerte alla Lazio, tanto da venir girato dopo pochi mesi al Corinthians e al Livorno, per poi avere una seconda chance nel 2007/08. In nerazzurro 36 presenze e 3 reti.
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