Arrivato come "il nuovo Maicon", Jonathan non è mai riuscito ad entrare nel cuore dei tifosi, se non per il suo soprannome "Il Divino". Prelevato dal Santos per 6.5 milioni di euro, il brasiliano è stato un interprete sufficiente del 3-5-2 di Mazzarri, ma mai convincente al punto di mantenere fisso il proprio posto.