Il 29 maggio 2008 l'allenatore jesino viene esonerato dal presidente Moratti: nel comunicato ufficiale, la società indica come motivazione per l'interruzione del rapporto le dichiarazioni rese dal tecnico l'11 marzo precedente dopo l'eliminazione dalla Champions per mano del Liverpool («Non so se tra due mesi sarò ancora qui»).Il 30 ottobre 2009, dopo oltre un anno di inattività, vi è la risoluzione consensuale del contratto con la società: Mancini percepisce una liquidazione di 8 milioni di euro. Il bilancio della prima esperienza nerazzurra è di 226 partite complessive con 140 vittorie, 60 pareggi e 26 sconfitte. José Mourinho sarà il sostituto di Mancini, continuerà a vincere trofei, coronando il sogno di Massimo Moratti: la vittoria della Champions League.