Il 14 novembre 2014 viene richiamato all'Inter, per sostituire Walter Mazzarri. Il tecnico è chiamato a risollevare i nerazzurri che non vincono un trofeo da 5 anni, l'esordio è subito di quelli importanti: derby di Milano finito in pareggio con rete di Obi. In occasione del 50º compleanno consegue la qualificazione ai sedicesimi di Europa League con una giornata di anticipo. Il 15 febbraio 2015 ottiene la centesima vittoria in A con la squadra, passando per 4-1 sul campo dell'Atalanta. Uscendo nei quarti di Coppa Italia, non raggiunge per la prima volta la finale con l'Inter; eliminata in Europa dal Wolfsburg, la squadra termina il campionato in ottava posizione mancando l'accesso alle coppe europee. La stagione 2015-16 si apre invece con 5 vittorie consecutive, mai conseguite dai nerazzurri in avvio di tornei a girone unico. I nerazzurri falliscono la conquista del titolo d'inverno seguita da un calo che culmina nell'eliminazione dalla coppa nazionale. Il piazzamento finale è il quarto posto, utile per entrare nella fase a gironi di Europa League.
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